巧克力囊肿和子宫腺肌症都是由异位的子宫内膜引起的疾病，病因相同，但发病部位不同，症状也有区别。巧克力囊肿是子宫内膜异位症的一种表现，是内膜异位到卵巢引起，而子宫腺肌症是子宫内膜腺体、间质侵入到子宫肌层。发生巧克力囊肿时囊肿大小不一，单个或多发，多表现为下腹痛和痛经，囊肿较大时发生破裂可引起突发性剧烈的疼痛，属于急腹症之一。
子宫腺肌症表现为子宫增大呈球形，主要临床表现是经量增多及进行性加重的痛经。在治疗方面，药物治疗的效果并不理想，患有巧克力囊肿时腹腔镜手术治疗是主要手段。子宫腺肌症药物治疗无效，并且有长期剧烈痛经且无生育要求的女性，可以行子宫切除手术。