怀孕两个月进行同房，有可能会造成胎停的不良后果，因为在怀孕两个月时，胚胎本身发育不稳定，激素水平也不稳定，所以在这期间不能够进行性生活。进行性行为对身体健康不利，会造成阴道组织黏膜水肿，子宫的收缩，有可能会引起胎儿停止发育，甚至会造成流产等后果。
如果有明显的阴道出血、腹痛现象，需要及时去医院进行检查B超、血清中的Hcg和孕酮数值，如果有激素水平下降，则提示是流产的征兆，需要卧床休息，及时选择药物保胎治疗一周后复查。如果已经确定胎停，需要采取相应的流产措施，预防感染等并发症的发生，流产后10天或者下一次月经干净后也应该B超复查，半年后再进行备孕。