子宫内膜异位症和巧克力囊肿有一定的区别，主要区别有以下几种：
第一、子宫内膜异位症是指子宫内膜组织，出现在子宫腔以外的地方，是一种病变反应；巧克力囊肿是指子宫内膜出现在卵巢上形成囊肿，这两种疾病产生的位置不一样。
第二、巧克力囊肿是子宫内膜异位症的一种症状表现，虽然这两种疾病都会产生痛经症状，但是疼痛位置不同，子宫内膜异位症位于盆腔处在进行性交时，会产生明显的疼痛反应；巧克力囊肿患者在性交时疼痛反应不太明显。
第三、两种疾病的治疗方法不同，而且药物作用的位置也不同，需要及时进行检查判断才能够对症治疗。