治疗结核病的药物有很多种，可以分为一线用药和二线用药，对于初治的各种类型结核病患者会首选使用一线用药，即选用利福平、异烟肼、乙胺丁醇和吡嗪酰胺四大类药物，部分患者有时还联合使用左氧氟沙星、莫西沙星和链霉素等治疗。
经过早期、联合、适量、规律、足疗程的抗结核治疗，大部分肺结核的患者均可以治愈，但对于复发的肺结核或存在多耐药的结核患者，多需要加用或改用二线药物治疗如阿米卡星、丙硫异烟胺、卷曲霉素、对氨基水杨酸等药物。总之，临床上对于结核病的抗痨治疗首选一线用药，但有时也会根据结核杆菌的药敏试验进行更改。