柯萨奇病毒A组16型的这种病毒可引起手足口病，也可以引起疱疹性咽峡炎，或者引起隐匿性的感染。它引起的手足口病以及疱疹性咽峡炎，不是很严重。手足口病比较严重的情况，也就是重症的例子，是由肠道病毒71型所导致，因为这种病毒有比较明显的嗜神经性，而柯萨奇病毒A组16型，相对来说，它导致重症的可能性要小。
所以如果在得了手足口病的孩子上，检查发现了柯萨奇病毒A组16型阳性，而肠道病毒71型是阴性，这时就不用特别的担心。但是每个孩子的情况都不一样，如柯萨奇病毒A组16型，得了手足口病的孩子，也应当通过症状、临床表现以及相关的辅助检查，来判断轻重，并不能够因为是这个病毒感染，就认为不会发展成重症。