手足口病的嘴巴疼，指嗓子的局部因为疱疹性咽峡炎出现疼痛，进食时会特别明显，部分患儿甚至因为疼痛导致不吃饭。所以时候对该症状进行治疗就非常有必要，可以应用利多卡因的凝胶进行局部的外用，能够暂时性缓解嗓子疼痛，并让患儿进食进水。但是该效果是暂时性的，在利多卡因的作用过去之后，疼痛还会再次出现。
其他药物如西瓜霜喷剂或者开喉剑喷雾剂，在应用的当时会有比较明显的疼痛，患儿往往因此而拒绝用药，但是在应用之后疼痛能够得到一定程度上的缓解。如果患儿疼痛特别严重，导致不进食、不饮水，这种情况下就不能单纯应用上述药物止痛，而是应该临床进行静脉补液，以满足患儿这一段时间之内的液体和能量的需求。在手足口病的病程结束之后，嗓子疼痛的症状也会逐渐得到缓解。