手足口病的患者会痛，但这个痛指的是咽痛，而不是手足部位皮疹的疼痛。咽痛是因为咽峡的部位、口腔的黏膜上，出现红丘疹与疱疹，疱疹破溃之后会形成小的溃疡面，严重的小溃疡面会融合成大的溃疡面。溃疡面经过唾液或者饮食物的刺激，会感觉到比较疼痛，这就是手足口病咽痛。
咽痛的程度有可能比较重，严重的很可能导致患儿吃不下饭，甚至连水都喝不进去，这时患者的能量与水分供应只能通过静脉输液。手足口病的咽痛并不会持续太长时间，当前三天或者前四天的时候，咽痛症状有可能是逐渐加重的，当过了第四天，咽痛就会比较快的消失，往往是在一、两天之内，咽痛的症状就会消失。