临床上，并非所有梅毒患者都有肛门症状，只有部分患者在一定阶段可以出现肛门及周围的症状，主要包括肛门瘙痒、溃疡或疼痛、硬下疳以及扁平湿疣等症状。
1、肛门瘙痒：是患有梅毒期间肛周可能出现的症状。表现为阵发性的瘙痒，多与局部皮疹伴随破损、溃疡或感染有关。若抓挠瘙痒部位，不仅会加剧瘙痒，还会产生严重的皮肤破损；
2、肛门溃疡或疼痛：可因皮损破溃、皲裂或合并感染导致肛门部触碰时疼痛或排便时疼痛；
3、硬下疳：一期梅毒患者的肛周部位可能会出现硬下疳，表现为一过性、无痛性的溃疡，大概一个月后自行愈合；
4、扁平湿疣：表现为肛周出现单个或成群的粉红色扁平丘疹，通常表面会有较为明显的糜烂、渗液甚至结痂。扁平湿疣的生长较快，传染性也较强，可生长为成簇的花瓣状疣体，患者会在肛周有显著的异物感，易被误诊为尖锐湿疣。
除上述症状外，梅毒严重时还可累及其它系统，可能使患者有恶心、腹胀、便秘、腹泻、头晕、失眠以及烦躁等表现。