脚上长囊肿多见于肌腱形成的腱鞘囊肿以及关节软骨下囊肿，二者的治疗方式存在差异。
腱鞘囊肿是可复性囊肿，在局部用力挤压时可消失，通常和过度劳损有关，一般不存在恶变的情况。若囊肿有压痛，可以外敷扶他林软膏进行缓解。若囊肿体积较大，影响了局部的活动，可在医生的指导下通过穿刺、抽吸等缩小囊肿体积，减轻局部的限制性。如果囊肿继发感染，还需要配合抗感染治疗，必要时也可以选择局部麻醉下将囊肿切除。另外，也可通过中医治疗、物理治疗等方法促进囊肿的消除，例如针灸肿块周围皮肤以促进液体的排出，红光照射肿块部位来加速皮肤的自行吸收等。
还有一些病人是因关节软骨退变和软骨下骨挫伤以及滑液向骨内渗入，而形成的关节软骨下囊肿，囊肿本身无明显的症状。由于这是一种继发性病变，所以一般需要针对原发病进行相应的治疗，也可在关节镜下切削囊肿。
无论是哪种治疗方法，平时都可配合一定的日常管理，不能负重以及劳累，可以适当的进行局部的泡浴。