嘴里起水疱的原因有疱疹性口炎、疱疹性咽峡炎、手足口病，进食硬质、过热的食物，以及天疱疮，具体如下：
1、疱疹性口炎：在口腔黏膜广泛形成虫簇小水疱，如针头大小，容易破溃，出现浅表溃疡。
2、疱疹性咽峡炎：软腭、悬雍垂等处会形成丛集成簇的小水疱，7天左右能够愈合。
3、手足口病：口腔黏膜会出现数量较多的小水疱，5-10天愈合。
4、硬质、过热食物刺激：咀嚼质地坚硬的食物，可摩擦唇部黏膜，产生水疱。有时吃温度过高的食物也可烫伤黏膜，形成水疱。
5、天疱疮：机体免疫力下降，发生天疱疮或类天疱疮时，口腔黏膜会形成体积较大的水疱，疱壁容易溃破，连同周围正常组织一并撕脱，暴露鲜红的创面。