治疗马拉色菌毛囊炎主要使用抗真菌药物，以外用药物为主。可以选择50%丙二醇、益康唑、咪康唑、联苯苄唑、特比萘芬霜等外用药物，将霜剂在受累的毛囊表面轻揉以促进药物渗透毛囊。如果单纯将药物涂于皮肤表面，效果可能会较差。
另外，也可以使用硫化硒香波、2%酮康唑洗剂洗澡，先保留15-20分钟后再清洗。5%-10%硫磺软膏也可以选用，但可能会比较油腻，不易长期坚持使用。
由于真菌位于毛囊内，单纯外用药物不如花斑癣的疗效快，通常需要用药4-6周。对于皮损数量多、严重而单独外用治疗效果不满意者，可以内服伊曲康唑，每日200-400mg。治疗应坚持到真菌培养阴性为止，然后可以改为每月1次服低剂量伊曲康唑，每周用硫化硒香波或2%酮康唑洗剂洗1次，或每月外用5天联苯苯唑霜，保持培养阴性状态以防止复发。
参考资料：[1]亓秀丽，李秀芹，司红编著,常见皮肤病诊治新进展,云南科技出版社,2009.08