细菌性结膜炎、病毒性结膜炎和过敏性结膜炎在病因、临床表现和诊断、治疗上存在区别。
1、病因：细菌性结膜炎是由细菌感染引起的，常见的细菌包括奈瑟菌属、流感嗜血杆菌等。病毒性结膜炎则是由病毒感染引起的，常见的病毒包括腺病毒、柯萨奇病毒等。过敏性结膜炎则是由于对某些过敏源过敏导致的结膜炎，常见的过敏源包括花粉、尘螨等。
2、临床表现：细菌性结膜炎眼睛呈脓性或黏液脓性，以疼痛为主，有小流行。病毒性结膜炎表现为眼分泌物清稀，以疼痛为主，耳前淋巴结肿大、压痛，其中肠道病毒 70型所致者，可见球结膜下出血 (白眼球片状发红，俗称“红眼病”)，常引起广泛流行。过敏性结膜炎眼分泌物清稀，或呈黏液样、丝状。明显的症状为剧痒，眼睑、结膜一般明显水肿。常能寻找出过敏原因。
3、诊断：细菌性结膜炎可以根据临床表现、分泌物涂片或结膜刮片检查发现中性粒细胞和细菌来诊断。病毒性结膜炎则需要根据耳前淋巴结肿大、压痛，分泌物涂片镜检见单核细胞增多等特点来诊断。过敏性结膜炎则根据临床表现，结膜囊分泌物涂片可见变性的上皮细胞和少量多核细胞和单核细胞，离开过敏源后，症状迅速消退来诊断。
4、治疗：细菌性结膜炎需要点抗生素眼药水，如安布霉素、氧氟沙星眼药水。病毒性结膜炎则需要使用抗病毒眼药水点眼，如更昔洛韦眼药水或眼药膏。过敏性结膜炎则需要抗过敏治疗，脱离过敏原，使用抗过敏眼药水包括肥大细胞稳定剂、抗组胺药物 0.1% 的依美斯汀及糖皮质激素药水等。
总的来说，对于这三种结膜炎的治疗，首先要明确病因，然后根据不同的病因采取相应的治疗措施。同时，在治疗过程中也要注意保持良好的生活习惯和眼部卫生习惯，避免病情加重或出现并发症。
参考资料：刘焰主编,结膜炎,中国医药科技出版社,2009.04