肾囊肿从理论上说不影响怀孕。肾囊肿是泌尿外科常见病、多发病，它是一种良性的囊性病变。发病的原因不是十分清楚，有可能是集合管受阻造成的。
一般肾囊肿没有明显的临床症状，往往是在体检时做彩超发现的。如果囊肿比较大，有可能出现腰部的隐胀不适。一般对身体没有明显的影响，对肾功能的影响也不大。除非是巨大的肾囊肿，有可能压迫肾实质，造成肾功能的损害。但是常常可以通过手术治疗，肾功能多数是可以恢复的。
所以，肾囊肿不影响肾功能，即使较大的肾囊肿对肾功能有点影响，但是肾囊肿也不会影响性功能，也不会影响男性精液的质量，也不会影响女性卵巢排卵的功能。因此，肾囊肿一般不会影响怀孕。