奶茶是人们喜欢的饮品，但是市场销售的部分奶茶商家使用过量奶精或添加糖，长期饮用对身体有一定的危害。但自制奶茶在不额外添加糖或少量添加糖的情况下，适量饮用对健康没有危害。如果在自制奶茶的过程中添加了过量的糖，或者制作时没有注意卫生、制作后没有及时冷藏而造成细菌污染，对身体可能造成损害。
自制奶茶时添加了过量的糖，常喝的话可能引起肥胖或血糖上升，严重者可能引起心血管疾病。制作时应当尽量注意卫生，且一次制作不应过量，避免喝不完存放不当，污染细菌，饮用后出现腹痛、腹泻等症状。
另外，牛奶中含有脂肪，血脂较高的人群应当选择低脂或脱脂牛奶进行制作，或者尽量减少喝自制奶茶的次数。茶叶中的茶多酚和茶碱具有兴奋神经的作用，有神经性头痛或失眠的人群不宜过多喝自制奶茶。
自制奶茶时可以使用红茶，可减少茶叶的量。同时应当尽量少放或不放额外的糖，如果想要增加口感可以适当放一些燕麦、青稞、自制芋泥等，较为健康。