打完疫苗肚子疼，可能是由于疫苗接种后的不良反应引起。但如果患者出现较为严重的肚子疼、腹泻、呕吐等消化道症状，或症状长时间未得到缓解，考虑是胃肠道疾病或其他疾病引起。
部分患者在接种疫苗后，可能会出现肚子疼的不良反应，一般情况下症状较轻，且无需进行特殊治疗，一段时间后可自行缓解。除肚子疼外，接种疫苗后还可能会有轻微腹泻、恶心、呕吐、发热、皮疹、瘙痒等不良反应。
如果患者疼痛症状较为严重或不可自行缓解，需考虑是由疾病引起，部分胃肠道疾病，如胃炎、胃溃疡、肠炎等都可能引起患者肚子疼。除此之外，肝、胆、胰腺、阑尾等器官疾病也可能会引起患者出现肚子疼的情况。女性患者还需考虑是否为月经即将来潮引起的肚子疼，或者是附件炎症等导致的肚子疼。
打完疫苗出现肚子疼，可以尝试先用热敷、按摩等方式缓解疼痛，但如果疼痛症状较长时间未得到缓解或疼痛较为剧烈，建议患者及时到正规医院进行就诊，明确病因，再进行相应的治疗。