重组蛋白疫苗和灭活疫苗的区别，体现在其制作工艺以及各自的优缺点上，重组蛋白疫苗作为后兴起的疫苗种类，仍更有很大的发展空间。因免疫性不同，两种疫苗接种次数也有差别，具体接种时间与次数应根据疫苗种类判断，临床二者的区别包括：
1、重组蛋白疫苗：此疫苗是利用DNA重组生物技术，将病原体外壳蛋白质中能够诱发机体免疫应答的遗传物质，定向插入细菌、酵母或哺乳动物的细胞中，然后经表达、纯化后而制得的疫苗。此疫苗目前常见于新冠重组疫苗，一般接种三针，第一针和第二针间隔4-8周接种，第二针和第三针间隔4周，三针需在6个月内完成接种。与传统疫苗的相比最大的优势是能够利用基因工程技术对病原体进行区分，能够将一些对于身体起到免疫及保护作用的基因保存下来，并将无效的基因去除，且安全性及有效性也有保障，但在实际应用上尚不完善，对其稳定性仍需进一步考究；
2、灭活疫苗：通过将病原微生物用物理或化学方法杀灭，使其失去繁殖能力，但保留其免疫原性而制成的疫苗。此疫苗目前常见于新冠灭活疫苗，临床一般接种两针，两针接种时间建议间隔3-8周。优 点是安全性能好，可使人体产生强而持久的免疫力，免疫效果受母源抗体干扰小，也不受抗生素干扰。缺点是接种剂量较大，接种途径少，并且诱导产生的免疫反应持续时间较短，需要多次接种，而且疫苗较难吸收，注射部位易形成结节。由于此疫苗注射后通常需十余天才产生免疫力，因此不适用于紧急接种。