一次大量摄入奇亚籽会有一定副作用，不局限于女性，主要副作用体现在引起消化系统的不适，可出现腹胀、腹痛等消化不良的症状，严重时可出现腹泻。因奇亚籽富含的不溶性膳食纤维可吸水膨胀，适量进食后可增加饱腹感，延长饥饿时间，但过量饮食可导致胃肠道无法消化，造成消化不良。
因奇亚籽中的α-亚麻酸具有抑制血小板聚集作用，可稀释血液，正在使用肝素等抗凝剂的患者不宜食用奇亚籽，以免引起一系列不良反应。
奇亚籽营养单一，应搭配蔬菜、水果、鱼肉、蛋类等食物，才能满足机体营养需要。虽然奇亚籽已被欧洲食品安全局认定为不会引起过敏的食物，但不排除部分特殊体质人群食用后出现过敏反应，出现皮肤瘙痒、打喷嚏、流涕等症状，因此需谨慎食用。