咖啡斑的胎记是一种色素沉着性斑片，根据胎记特点及生长部位不同，可有不同的治疗方法。
如果咖啡斑的胎记生长在躯干，边界不清或颜色较淡，胎记不影响健康，但由于咖啡斑不会自行消退，较大时可能会有神经纤维瘤的存在，故应及就医，经医生评定后可暂时不予治疗，但需注意不可用指甲进行反复搔抓刺激，防止造成感染性皮炎，注意观察。
胎记颜色较深时，可选择使用药物治疗，包括外用具有漂白功能的药膏，如壬二酸乳膏或千白氢醌霜，也可选择口服维生素C或谷胱甘肽等进行治疗，但药物治疗一般效果较差、时间较长。
胎记边界较清楚、颜色较深时，可进行激光治疗如点阵激光或准分子激光，并同时配合口服药物，一般激光产生的结痂脱落后，色素可基本消退。通常激光治疗效果较好，但可能出现复发，需多次治疗，同时治疗期间需加强防晒。
对于生长在面部的单个咖啡斑胎记，也可通过手术治疗，但手术存在一定风险，可能留下疤痕。