胎儿双侧脉络丛囊肿一般对胎儿没有太大影响，90%以上可以自然消退，消退后没有病理意义，对胎儿后续生长发育基本没有影响。仅少数呈进行性增大，需明确原因，进行治疗与处理。
如果在怀孕26周左右，胎儿双侧脉络丛囊肿自行消失，一般不会出现压迫和颅压增高，出生后的智力或其他方面也不会因脉络丛囊肿而受到影响。如果26周后还不消退，而且是双侧，可以做四维彩超检查或羊水穿刺检查，查看胎儿发育的情况，如胎儿不伴有其他发育异常情况，可先继续妊娠；如果有严重发育异常，影响胎儿出生后生存质量，需考虑终止妊娠。
如果胎儿出生后脉络丛囊肿还存在，可能会压迫大脑神经，造成发育落后，需做颅脑的检查及脐血细胞的染色体检查，积极进行治疗，改善预后。
单纯的胎儿双侧脉络丛囊肿常没有明确的病理意义，预后良好，但该种情况与染色体异常（18-三体、21-三体）的危险性增加有关，建议及时进行产前诊断，检测胎儿染色体。