胎儿畸形的原因有多种，包括遗传因素、母体因素、外界因素等，可以是一种原因引起，或者多种因素共同作用所致。
1、遗传因素：常见父母双方隐性、显性遗传疾病，近亲结婚等，可导致胎儿染色体异常，出现唐氏综合征，目前没有治愈方法，且新生儿成活率低；
2、母体因素：主要有妊娠高血压、妊娠糖尿病等合并疾病，可引起胎儿发育畸形；或者长期睡姿不当，胎儿宫内缺氧可导致脑部发育异常；
3、外界因素：包括污染气体、X射线、毒品、烟酒、细菌或病毒感染、重金属等，这些物质可经母体吸收后，转运到胎盘，被胎儿摄取后导致胎儿畸形。该致病因素引起畸形的种类不一，可轻可重，比如唇裂、消化道畸形、四肢缺损、脑缺损等，部分成活率较高，可在出生后治疗。
孕妇应在孕期做好备孕检查，关注自身情况，应用药品前应听从医生指导，远离污染较严重的地方，避免接触射线、烟酒、毒品等物质，尽量左侧卧睡，可左右交替，避免压迫胎儿。