孕妇发现甲状腺功能异常时，如果在妊娠期间可以将甲状腺功能控制良好，则对胎儿一般无明显不良影响。若不及时进行控制，可对胎儿造成明显影响。
1、胎儿畸形：严重甲状腺功能异常孕妇由于服用治疗药物、代谢能力异常等因素，可导致胎儿畸形；
2、胎儿生长迟缓：患有甲亢的孕妇代谢能力亢进，同时其体内激素失去平衡，而胎儿需通过摄取母体营养物质与激素进行生长发育，故可引起胎儿宫内发育迟缓。另外，甲状腺功能异常可引起早产或低体重儿；
3、胎儿智力受损：甲状腺功能严重异常孕妇可直接影响胎儿神经系统发育，如妊娠期间未经治疗的严重甲减可导致胎儿智商降低，严重者胎儿出生后可表现为呆小症；
4、先天性甲亢、甲减：由于母体TSH受体抗体可通过胎盘，进而刺激胎儿甲状腺引起新生儿甲亢；而甲亢孕妇在治疗时若服用大量抗甲状腺药物，可抑制胎儿甲状腺功能，进而引起新生儿先天性甲减。