灰指甲是由于真菌感染甲板及甲床所致，因此应用抗真菌药物疗效较好。治疗灰指甲的抗真菌药物较多，临床上分为口服药物与外用药物两大类。
一、口服药物：
1、伊曲康唑：可有效治疗深部、皮下及浅表真菌感染，对于灰指甲有一定的治疗作用，但可能会出现胃肠道反应、头痛、头晕、高血压、水肿等不良反应；
2、特比萘芬：该药物口服后可以在甲板处长时间维持较高浓度，从而达到治疗目的，不良反应较轻微；
3、氟康唑：口服吸收良好，不良反应的发生率较低，但需注意可能导致胎儿缺陷，因此孕期患灰指甲禁用该药。
二、外用药物：
对于较为局限的灰指甲可外用冰醋酸、碘酊或阿莫罗芬搽剂。用药前宜先除去病甲，再涂抹药物，便于药物吸收。也可应用水杨酸软膏、尿素软膏外敷并包扎，病甲软化后剥离拔除，再继续应用外用药物治疗。
灰指甲的治疗时间较长，彻底治愈较困难，患者应在医生指导下坚持规范用药，如口服抗真菌药物，应定期复查血常规、肝肾功能，出现肝肾功能损害应及时寻求医生帮助。如果应用上述药物无效，或已出现甲床和指甲分离的症状，建议到院就医，行拔甲手术。患者注意日常护理，定期对个人衣物、鞋袜进行杀菌消毒，每天温水洗脚，保持足部干燥，抑制真菌滋生，避免治疗不彻底以及交叉感染。