灰指甲通常使用抗真菌药物进行治疗，但由于灰指甲患者个体差异大，用药不存在绝对的最好、最快、最有效，需在医生指导下，充分结合个人情况选择最合适的药物，常见情况如下：
1、浅表型：开始常呈点状，外形不规则，点的数目不定，真菌感染通常局限于指甲表面。可以通过外用药进行治疗，如使用阿莫罗芬搽剂、特比萘芬软膏、舍他康唑软膏，或者是使用含有水杨酸、苯甲酸成分的药膏进行局部涂擦；
2、甲下型：全甲可呈灰色，并逐渐变为黄棕色直至黑色，随后甲板变质，甲床增厚，指甲的深层，包括甲床以及周围组织都有真菌感染。因为外用药的渗透性有限，很难对深层甲组织以及甲周组织进行治疗，此时单独使用外用药无法达到治疗效果，需考虑联合使用口服药物进行治疗，临床上通常选择特比萘芬、伊曲康唑等口服药进行抗真菌治疗。
除药物治疗外，若症状较为严重或合并甲沟炎等并发症，需遵医嘱进行病甲清除术，还可以使用激光治疗和光动力治疗，抑制病原菌，杀伤微生物。