碘-131是人工放射性核素，治疗甲状腺的疾病相对而言比较安全，但由于存在一定的辐射，虽然对甲状腺以外的组织基本没有作用，但可能会造成甲状腺功能减退症、突眼恶化、甲亢危象。
1、甲状腺功能减退症：最为常见，这是由于核素碘-131治疗弥漫性甲状腺肿伴甲状腺功能亢进症或者甲状腺癌时，用量一般都偏大，所以大约70%的患者治疗2年内都会发生甲状腺功能减退症；
2、突眼恶化：有些突眼症的患者在治疗以后，突眼的情况有可能恶化；
3、甲亢危象：个别患者由于甲亢的症状严重，当碘-131治疗以后，会使得体内的甲状腺激素突然释放入血，容易造成甲亢危象，这种情况比较少见。如果有发生甲亢危象风险的患者，最好先用抗甲状腺的药物治疗1个月左右，再进行核素碘-131的治疗，以减少甲亢危象的发生。
碘-131治疗相较于抗甲状腺药物治疗，属于精准性治疗、靶向性治疗，且复发率低，还是具有一定的优势的。