CT是利用X射线的电离辐射来完成检查的，X射线对人体有一定影响。孕早期胎儿的各项器官还是在发育中，对X射线的敏感性更强，X射线可能会影响其发育，导致胎儿发育畸形、发育受限，严重时还可能导致胚胎死亡。
X射线的影响通常与怀孕的孕周有关，如果是在孕早期1-14天X射线影响比较小；若孕妇怀孕超过14天时，应尽量避免X射线。此外，如果是在2-4周之内，X射线对胎儿产生的影响比较大，因为这个时期是大脑以及其他重要脏器成形的时期。
当然，在女性怀孕期间，如果是非常必要的情况，必须进行CT检查，可以在铅衣保护下进行检查。非必要的情况下，要避免进行CT检查，或者通过B超以及磁共振检查进行代替。