肠结核是否需要住院治疗，以及住院时间的长短，取决于病情的严重程度。对于状况较为稳定的肠结核患者，可以门诊应用药物进行治疗，不需要住院。若患者处于肠结核急性发作期，就需要住院稳定病情，住院治疗的时间大约需要1-2周。如果合并肠出血、肠穿孔以及肠梗阻等情况，甚至可能需要进行手术治疗，住院时间就有可能延长至3-4周。
肠结核的治疗和肺结核相似，都是应用异烟肼、利福平等抗结核药物进行治疗，治疗时间往往需要治疗6-9个月，有的患者甚至需要治疗1年以上。抗结核治疗过程中需要每1-2周复查1次血常规、肝功能、肾功能、血尿酸等，以观察药物的毒副作用，每1-2个月复查钡餐透视、肠镜以判断药物疗效。
肠结核的早诊断、早治疗，合理选择抗结核药物，保证足量、足疗程治疗是决定预后的关键。病变早期及时治疗后可痊愈，一般预后良好，不会影响寿命。若伴有严重并发症者，一般预后较差。由于肠结核是慢性消耗性疾病，日常生活管理重在饮食调理，建议患者每餐合理、均衡分配各种营养物质，补充足够的营养，进食高蛋白、高纤维的食物。