Y型子宫一般来说是因为先天发育畸形，还在胚胎发育期的时候，子宫是由两条副中肾管会合形成的，两条管中间有一层隔离组织，会随着发育被慢慢吸收掉，才能让子宫变成正常的空腔结构。如果隔离组织没完全吸收掉，子宫腔中间有竖着的分隔，就叫作Y型子宫。目前病因尚不明确，可能由于遗传（如基因或染色体异常）、服用雌激素类药物等导致。
因为中间有竖着的分隔，所以Y型子宫又称为纵隔子宫，根据分隔长短和程度的不同，可以分成完全纵膈子宫和不完全纵膈子宫两种情况。Y型子宫一般也有正常的月经周期，没有其他明显的症状，不容易被发现，但有可能会引起不孕，即使怀孕了，因为子宫形状异常，也可能会流产。
有些情况下，程度较轻的不完全纵隔子宫患者能正常生育，但出现先兆流产的风险比普通孕妇高一些，需要加强孕期监测。如果是完全纵膈子宫的患者，一般来说很难自然妊娠，可以通过手术切除纵膈，恢复子宫的正常形态，让子宫有完整的子宫腔，能够正常妊娠。无论哪种情况，妊娠期间都要定期产检，观察胎儿、胎盘、羊水情况，注意休息。