万古霉素的疗程的长短，取决于治疗的疾病，一般疗程为7-10天。
万古霉素是一种窄谱的糖肽类抗菌药物，对革兰氏阳性细菌有强大的杀菌作用，主要用于耐甲氧西林金黄色葡萄球菌、肺炎球菌等致病菌所致的严重感染，而对革兰氏阴性菌无效。针对敏感的致病菌，一般静脉给药3-5天即可获得明显的疗效。万古霉素不可肌肉注射，静脉滴注的速度不宜过快，每次滴注时间应控制在1小时以上。出现寒战、恶心、皮疹等副作用应及时停药。
长时间或大剂量使用万古霉素可导致听力下降、肾功能不全，还可导致菌群失调，继发二重感染，病情好转后应及时停药或换药。