甲状腺乳头状癌的分期和其他癌症略有不同，以患者的年龄55岁为界，有着不同的分期。
如果患者小于55岁，甲状腺乳状癌可分为两期，I期是指患者的肿块可为任意大小，可能扩散到了周围组织或淋巴结，但却没有出现其他部位的转移。而II期则是指患者不仅可能扩散到了周围组织或淋巴结，也出现了其他部位的转移，如肺、骨等。如果患者年龄大于55岁，则甲状腺乳状癌则可分为四期。I期是指患者的肿块最大径仅为4cm或更小，且未出现其他部位的侵犯或转移。II期则提示患者肿块已经大于4cm，或出现了周围组织、淋巴结的转移，或患者肿块为任意大小，但已从甲状腺内转移到了颈部肌肉或周围淋巴结。III期则是肿瘤已侵犯到了喉、气管、食管、喉返神经等。IV期又分为IVA期和IVB期，IVA期是指肿瘤扩散至椎前筋膜、或纵隔血管等，IVB期则指身体其他部位已经出现转移，如肺、骨等。
一般来说，患者分期越低预后越好。因此，建议甲状腺乳状癌患者一定要早诊早治，有助于提高治愈率，并延长生存期。