做增强CT存在一定副作用，但一般在可接受范围不会对身体造成危害，通常1-3天左右身体便可恢复。
增强CT的副作用通常由造影剂所引起。正常情况下，患者进行此项检查后，几个小时后便会将造影剂排泄出来。但部分病人，尤其过敏体质的患者，可出现轻微过敏反应，如皮肤瘙痒、潮红、水肿，轻度喉头水肿等现象，通常需1-3天才可逐渐自行消失，无需特殊治疗。因此患者做增强CT检查结束后，需观察1-2个小时左右，无异常表现方可离开。
此外，患者行增强CT检查时还需注意，检查前不能进食，需空腹检查。并且有严重甲亢以及对碘造影剂过敏的患者不能做增强CT。