治疗幽门螺杆菌第一次没杀死，不需要间隔时间，可以在医生指导下直接进行第二次治疗，如果第二次依然没有杀死，第三次治疗建议间隔3个月以上。
目前对于幽门螺杆菌的治疗，只要患者不存在明确临床禁忌，通常是选择根治方案。目前提倡四联方案，即1种PPI、2种抗生素和1种铋剂，患者可以在医生指导下选择敏感药物，积极治疗2周，停止治疗后，可在4周以后复查C13呼气试验，明确有无根除。另外，由于幽门螺杆菌可通过消化道进行传播，因此建议分餐制饮食，养成良好的就餐习惯。
在治疗期间，前后各1周不能饮酒，建议患者保持清淡饮食，少食油腻、辛辣刺激性的食物，多吃蔬菜水果。