药物流产残留物需在14天以后清除，因为药物流产后如果胎囊顺利排出，在术后2周复查超声，此时发现宫腔残留才考虑清宫手术，多数患者不需要清宫，因为药物流产属于一种不全流产，真正排干净需要观察2个月经周期。
多数药物流产皆可在服药的第3天排出妊娠产物，若等待排出妊娠产物得期间，阴道流血大于100ml，需急诊给予清宫手术。若已排出完整的妊娠产物，阴道流血较少，可离院回家给予观察。建议药物流产14天后到医院妇科门诊复查B超，若通过B超检查发现宫内有较大的残留组织物，需给予清宫手术。若残留物较小，可口服黄体酮或益母草、生化汤等中药，使残留物随月经血排出阴道，亦无需进行清宫手术。如果残留物较多、伴有阴道出血多，则尽快安排手术，以免出现子宫收缩不佳引起大出血，或残留物粘连，增加清宫的难度及危险。
此外，清宫手术后，应卧床休息3天，忌食辛辣油腻等刺激性的食物，勤换内衣，以免发生感染。