肠胃功能紊乱持续的时间与起病的原因有着密切的关系，如反复发作可能会一直存在。
胃肠功能紊乱又称胃肠神经官能症，其原因主要见于饮食因素，如饮食不规律、刺激性饮食等导致胃肠道蠕动功能的紊乱，经过积极治疗则会在1-2天内治愈；一些消化性溃疡、慢性胃炎以及肠道的急慢性炎症等，如不治疗原发病，可导致胃肠道功能紊乱一直反复发作；精神因素也是导致胃肠道功能紊乱的一种原因，如紧张、焦虑、抑郁等可导致下丘脑功能紊乱，从而影响胃肠道功能，导致胃肠功能紊乱，如不能有效去除病因，也可一直存在。
建议胃肠道功能紊乱的患者首先调整饮食结构、避免进食诱发胃肠道功能紊乱的食物；其次要保持良好的情绪、作息规律，必要时可给予一些镇静的药物，针对消化道症状可给予抑制胃酸、保护胃黏膜、解痉止痛以及促进消化等药物治疗。