卵巢囊肿是否发生恶变主要取决于囊肿的性质，与囊肿的生长年限没有直接关系，虽然临床中大多数卵巢囊肿均为良性，但仍有发生恶变的几率。
首先，如果卵巢囊肿在短时间内迅速增大，并且在超声检测下发现有双侧卵巢包块、实性回声或低阻血流信号时，提示有恶变发生的可能，而长时间未发生变化的卵巢囊肿发生恶变的几率则不大。其次，无论是普通的卵巢囊肿还是由于子宫内膜异位引起的卵巢囊肿，一般情况下发生恶变机会不多，但不等于没有。
绝大多数恶性的卵巢肿瘤都是由卵巢囊肿恶变而来的，因此只要患者确诊有病理性的卵巢囊肿，都应尽早手术治疗，以防恶变的发生。