咽喉部的囊肿不会自行消失，并且药物治疗通常也无显著效果，手术切除是唯一确切的治疗方法。
咽喉部囊肿最常见的是会厌囊肿以及声带囊肿，会厌囊肿发生在会厌舌面以及会厌谷处，多因局部腺管堵塞而导致囊肿发生，可引起会厌抬举功能下降以及咽喉部的异物感。患者主要以咽喉部异物感以及吞咽异常而就诊，检查时可见会厌部淡白色、质软、无疼痛的新生物。如果患者症状较重，咽喉部异物感明显或者囊肿呈持续性增大，则需要进行手术治疗。声带囊肿检查可见单侧声带的前中1/3处，一个表面光滑、淡白色的新生物，可导致声音嘶哑。如果发现声带囊肿一定要尽早手术，术后积极进行发音训练就可以避免囊肿复发。
咽喉部的囊肿属于良性病变，通常不会发生癌变。因此，咽喉部囊肿未引起严重症状时，可先行观察。若症状较重，造成咽喉疼痛、阻塞时，应及时行手术治疗。