高烧39℃通常不会烧坏脑子。但如果是由病毒性脑炎或其它脑部疾病引起的发热，一般持续半小时左右可能会造成脑部损害或脑功能异常。
通常情况下，高烧39℃不会出现烧坏脑子的现象，但应及时给予物理降温，如冰敷或用温毛巾擦拭腋窝、腹股沟、颈部等血管丰富的部位，同时可以在医生指导下使用退烧药物进行对症治疗，如非甾体抗炎药等。如果是由病毒性脑炎、流行性脑脊髓膜炎、流行性乙型脑炎等脑部疾病引起的发热，若未及时治疗，持续半小时左右则有可能损伤脑部功能。此外，如果婴幼儿高烧39℃，则应及时给予退烧药物，以防出现高热惊厥，以免对脑细胞产生不可逆的损伤。
患者高烧39℃时，可多喝水，保证充分休息，避免进食辛辣刺激性食物，必要时需尽快前往医院感染科或发热门诊就医。