结膜炎主要和角膜炎、虹膜炎、青光眼和巩膜炎这几种眼病相鉴别。角膜炎是眼球的黑眼仁，透明的那一层的地方发炎了，主要表现为眼球刺痛，有视力下降，眼前现有东西遮挡一样。
角膜炎比结膜炎严重的多，需要点抗病毒、抗真菌等针对性的药物。
虹膜炎是一种免疫反应，表现为眼球内部的房水闪动，角膜后沉着物，眼球有触痛，眼睛充血呈现为深红色，需要点激素类的药物。
青光眼好发于老年人，表现为一过性的眼球胀痛，甚至有头痛、恶心、呕吐，检查时最典型的表现为眼压的升高。
巩膜炎相对比较少见，是眼球深处的一种免疫反应，眼球触痛，全身有风湿免疫等相关疾病，需要全身使用激素类的药物。
那么，治疗结膜炎的药水有很多种类型，抗过敏类和消炎类是其中最常见的两种类型。
抗过敏类药水有激素类、非甾体类、抗组胺类以及人工泪液等类型，激素类药水常见的有氟美龙、典必殊眼药水，非甾体类眼药水有迪非、双氯芬酸钠等，抗组胺类药水有埃美丁、色甘酸钠等，人工泪液有玻璃酸钠、泪然、羧甲基纤维素钠、聚乙烯醇滴眼液等。
消炎类药水有抗细菌、抗病毒和抗真菌三大 类。抗细菌类药水常见的是左氧氟沙星和妥布霉素类，抗病毒类药水常见的是阿昔洛韦和更昔洛韦。抗真菌类药水比较少，常用的是那他霉素、两性霉素B等。