长期大便不成形常提示身体存在异常现象，常见原因包括肠道菌群失调、肠道功能紊乱等功能性病变，也包括炎症性肠病、肠结核、肠癌等器质性病变。
如果长期大便不成形，一般建议患者至消化内科就诊。若为肠结核，患者可能伴有黏液脓血便等，应早期、足量、足疗程的进行抗结核治疗，必要时给予糖皮质激素治疗。若为肠炎所致，其治疗主要以抗炎、免疫抑制剂等药物治疗为主。如病因为肠癌，则需以手术治疗为主，并配合化疗及放疗等综合治疗。
此外，建议患者平时养成良好的生活习惯，放松心情、缓解压力，减少酒精、尼古丁和咖啡因的摄入，以免刺激消化系统。