囊肿通常不会自动消失。囊肿是一种良性疾病，可以生长在体表，也可以出现在内脏里，是否需要治疗，需根据囊肿的性质决定，如果是良性的囊肿，可以不做处理。如果囊肿超过5cm建议手术治疗。
囊肿如果生长于子宫里面或者是卵巢上面，良性的可能性较大，这种情况下可以先进行观察。如果观察发现囊肿没有变大的趋势，或者没有造成身体不适，可以先不用进行治疗，定期复查即可。但是如果恶性的囊肿，或者囊肿生长到一定程度对正常组织构成压迫，影响身体的功能以后，可以进行治疗，目前尚无有效的内科治疗方法，主要以外科或介入治疗为主。例如宫颈上长了囊肿，若囊肿较大，可通过微创的手术进行治疗，用针把囊肿扎破，让浆液流出来慢慢的吸收即可。
囊肿虽然是良性的疾病，但是也有可能会发生恶变，所以有囊肿的患者，要定期去做检查观察囊肿的变化，如果是妇科的囊肿，要在月经干净后再进行检查。