小儿便秘的原因比较多样，一般以胃肠道疾病为主，通常可以分为功能便秘、药物性因素以及器质性病变引起， 另外某些全身性疾病及感染性疾病亦可导致小儿便秘情况。
功能性便秘原因主要为饮食不当，饮食不节，进食量少或者食物中缺乏粗纤维等，亦或是因为日常生活中没有形成良好的排便习惯所致，可见于胃肠功能紊乱患儿也容易出现便秘情况。药物性便秘主要是跟平时使用一些药物有关系，很多药物大量或者是长期服用时不良反应通常表现为便秘等。
胃肠道器质性病变原因就比较多，比如肠梗阻，直肠与肛门疾病引起肛门括约肌的痉挛，胃肠道肿瘤，直肠息肉等。最后全身性疾病及感染性疾病也可导致，如发热，呼吸道感染，内分泌疾患等。
总之，便秘原因较多，要根据具体的原因具体对待，平时养成良好的饮食生活习惯，不乱吃药，适当活动锻炼，必要时进行肠镜检查，明确诊治。