小柴胡颗粒作为中医临床治疗少阳证的解表类中成药，因此可能也会出现类似副作用。具体包括间质性肺炎、药物性肝损伤、类肾上腺皮质功能亢进综合征，以及药物性膀胱炎、消化系统症状等。
1、间质性肺炎：关于小柴胡颗粒所致间质性肺炎的报道较多，主要由于小柴胡汤与干扰素并用而引起。通过X线、病理检验和药理学都已证实与小柴胡汤有关。
2、药物性肝损伤：国内外均有柴胡所致药物性肝损伤的相关报道，主要会导致黄疸、GOT(谷草转氨酶)、GPT(谷丙转氨酶)升高等。
3、类肾上腺皮质功能亢进综合征：长期服用小柴胡颗粒会导致血压升高、浮肿、水钠潴留及体重增加等醛固酮增多的表现。
4、药物性膀胱炎：表现为排尿困难、尿痛、尿频，甚至血尿。
5、消化系统症状：如胃痛不适、食欲降低、恶心、呕吐及腹泻等。
另外需要注意，如果对小柴胡颗粒过敏，则应避免使用此种药物，否则可能会诱发过敏反应，导致皮肤出现红斑及荨麻疹等副作用。