婴幼儿原发性肠套叠治疗的关键在于诊断的时间早晚，如能早期诊断及早应用灌肠复位均可痊愈。若延误诊断病程超过一至两天，尤其伴有严重脱水中毒或休克等症状则需手术复位治疗，严重时造成肠坏死者则需做肠切除手术，其病死率显著增高可达2%～5%左右。
第一、发病早期可予非手术治疗，一般病程在四十八小时以内的原发性肠套叠，血便症状出现不超过二十四小时，患儿无明显脱水、无完全性肠梗阻、腹部不胀者均可通过灌肠治疗后痊愈。灌肠方法有空气压力灌肠法及钡剂灌肠水压复位法两种。临床在选择哪种灌肠方法时，需根据病程早晚、病情轻重及肠套叠部位而决定。
第二、关于手术治疗，凡病程超过四十八小时、血便症状超过二十四小时或伴有高热脱水、精神弱全身情况差有休克中毒症状以及腹胀明显者，在X光透视下尤其小肠套叠经灌肠术未能复位，并有反复套叠或伴有肠坏死者均需手术治疗。