对于大多数急性胆囊炎患者都需要应用抗生素行抗感染治疗，根据病情的轻重程度不同，选择的治疗方案也不尽相同。
对于轻度急性胆囊炎患者通常为单一肠道的致病菌感染，如大肠埃希菌等，因此可以口服单一的抗生素进行治疗。推荐应用口服喹诺酮类，代表药物有左氧氟沙星、环丙沙星。口服头孢菌素类，代表药物有头孢替安、头孢卡品。第一代头孢菌素类，代表药物有头孢唑林。广谱青霉素/β-内酰胺酶抑制剂，代表药物有氨苄西林/舒巴坦。
对于中度急性胆囊炎患者，广谱青霉素、第二代头孢菌素都可以作为患者首选经验性用药，同时应静脉给药。具体药物推荐含β-内酰胺酶抑制剂的复合制剂，如哌拉西林/他唑巴坦，氨苄西林/舒巴坦。第二代头孢菌素，如头孢美唑、头孢替安、氧氟头孢。当怀疑或证实存在厌氧菌感染时，上述药物之一加甲硝唑。
对于重度急性胆囊炎患者，因为其经常为多重耐药菌感染，故首选广谱的第三代和第四代头孢菌素类，如头孢哌酮/舒巴坦、头孢曲松、头孢他啶、头孢唑兰。β-内酰胺类，如氨曲南。当怀疑或证实存在厌氧菌感染时，上述药物之一加甲硝唑。如果首选用药无效，则应用氟喹诺酮类，如氧氟沙星、环丙沙星，加上甲硝唑（当存在厌氧菌感染或共同感染时），以及碳青霉烯类，如美罗培南、亚胺培南/西司他丁。需要注意的是不恰当或过度使用第三代和第四代头孢菌素和碳青霉烯类会导致耐药菌的出现。
为患者选择合适的抗生素后，应根据其类型制定合适的剂量和用药时间。急性胆囊炎抗菌治疗3-5天后，如果急性感染症状、体征消失，体温和白细胞计数正常，可以考虑停药。