外科治疗门静脉高压症主要是针对门静脉高压症食道胃底静脉曲张导致的上消化道出血，目前已经达成的共识是：对于发生过上消化道出血的患者，由于存在非常高的再出血率，如果肝功能良好，应首先选择外科手术治疗；没有发生过出血的患者，可以应用普纳洛尔等药物降低门脉压力，不推荐应用外科手术进行预防性治疗。
由于脾切除术后存在的一系列问题，对于单纯脾功能亢进的患者，不推荐进行脾切除术。
具体的外科手术方式包括以下几种，应根据患者的具体情况进行选择。
1、断流术：传统断流手术的范围包括贲门周围血管离断术、食道下段离断再吻合术以及脾切除术。其优势是创伤小，在大多数医院都可以实施，术后早期止血效果确切。但是由于目前国内很多医院在开展断流手术时，没有实施食道下段离断再吻合术，导致了术后再出血率高的问题。另外由于脾切除术后脾静脉及门静脉血栓的发生率高，造成部分患者肝功能受损，也是这一手术需要解决的难题。
2、保脾断流手术：保脾断流手术是近年来由北京大学人民医院朱继业教授和冷希圣教授提出的治疗门静脉高压症食道胃底静脉曲张破裂出血的最新治疗方法。该手术在实施贲门周围血管离断术的同时，保留脾脏的功能，降低了门静脉血栓的发生率。
3、分流手术：是采用门静脉系统主干及其主要分支与腔静脉及其主要分支吻合，使较高压力的门静脉血液分流入腔静脉中去，由于能有效的降低门静脉压力，是防治大出血的较为理想的方法。但是分流术后部分患者会发生肝性脑病，另外有些患者的分流通路容易发生血栓形成。目前较为理想的分流手术方式是远端脾肾分流术。
4、肝移植术：肝移植是最为理想的治疗门静脉高压症的手术方式，从根本上解除了门静脉高压症的病因，疗效最为确切。但是由于供肝短缺以及费用问题，大多数患者无法获得肝移植的机会。
鉴于外科手术的风险，对于存在门静脉高压症的患者，应选择有经验的医院，采取有针对性的治疗方式，不能盲目进行手术治疗。