生殖器疱疹由单纯疱疹病毒（HSV）感染引起，该病毒可分为一型（HSV-I）和二型（HSV-II）。两型疱疹病毒都可以引起生殖器疱疹，但是大多数生殖器疱疹由HSV-II引起。该病从感染到发病的潜伏期为2-20天（平均6天）。
临床上将生殖器疱疹分为原发性和复发性两种。原发性生殖器疱疹表现为外生殖器或肛门周围有群簇或散在的小水疱，2-4天后破溃形成糜烂或溃疡，患者常有发热、头痛、乏力等全身症状，自觉疱疹局部痒或疼痛，伴有腹股沟淋巴结常肿大和压痛，病程约2-3周。复发性生殖器疱疹是在原发皮损消退后，HSV潜伏在患者的神经节中，在某些因素（如外伤、感染、月经和受冷等）导致患者免疫力下降时，病毒沿受累神经根下行至受累部位的皮肤和粘膜，临床表现为复发。复发性生殖器疱疹较原发性生殖器疱疹的皮损轻，病程也相应缩短，表现为起疹前局部有烧灼感，针刺感或感觉异常，外生殖器或肛门周围群簇小水疱，很快破溃形成糜烂或浅溃疡，自觉症状较轻，病程7-10天，可自然痊愈，但有复发倾向。