体外震波碎石是一种非手术疗法，具有痛苦相对较小、疗效相对较好、有一定前途等优点。然而，也存在一些问题，包括结石复发、结石排尽率低，还可能会引起急性胆囊炎以及胆管炎等。
1、结石复发：结石复发问题仍然存在，复发率可达到10%左右。
2、结石排尽率低：虽然体外震波碎石成功率很高，可以达到90%以上，但结石排尽率却不尽如人意，在30%左右。因为胆囊管直径很窄，一般只有2-3mm，而且还有螺旋瓣阻挡，所以结石碎片不易排出。
3、急性胆囊炎：较大结石不易嵌入胆囊管，而较小结石，包括震碎的结石碎片，反而容易嵌入胆囊管而将其阻塞，引发急性胆囊炎。
4、胆管炎：即使结石或其碎片能够顺利地从胆囊管排入胆总管，胆总管下端的开口也很窄，只有1-2mm，这些碎片更难排出。如果结石或碎片阻塞胆总管下端开口会诱发胆管炎，如果完全梗阻将诱发致命的急性梗阻性化脓性胆管炎或急性胰腺炎炎，危及病人的生命。
另外，体外震波碎石对胆囊结石的定位比尿路结石困难得多，因为胆囊结石是飘浮在胆囊中的，活动度很大，而且胆囊本身也有一定的活动度，再加上胆囊还随呼吸不断地运动，都影响震波碎石效果，同时也易对胆囊周围的组织器官，如胃、小肠、结肠等造成一定的损伤。
参考资料：刘鹏飞编,胆囊炎与胆石症,上海科学技术出版社,1998.10