有典型临床表现及尿细菌学检查阳性者不难诊断为尿路感染，但需要与尿道综合征、肾结核、慢性肾炎等疾病进行鉴别。
1、尿道综合征：有尿频、尿急和（或）尿痛的症状，3次细菌定量培养阴性，并排除尿路结核菌、真菌和厌氧菌感染，即可确诊为尿道综合征。
2、肾结核：尿路感染以血尿为主要表现，膀胱刺激症状明显时，易误诊为肾结核。肾结核时可有结核中毒症状、肾外结核病灶存在、膀胱刺激症状明显等情况。反复进行尿细菌学检查可发现结核分枝杆菌，静脉肾盂造影发现肾实质虫蚀样缺损有助于诊断肾结核。
3、慢性肾炎：慢性肾炎水肿、蛋白尿不明显时可误诊为慢性肾盂肾炎。但慢性肾炎少见尿频、排尿不适，细菌学检查阴性；而慢性肾盂肾炎常有尿频、排尿不适，细菌学检查阳性。慢性肾炎肾小球功能损害较明显；而慢性肾盂肾炎肾小管功能损害较明显。
参考资料：侯本国主编,泌尿外科疾病诊疗思维与实践,吉林科学技术出版社,2019.03,第283页