第三代促甲状腺素的临床意义，仍然是参考一般意义上所使用的促甲状腺素的指标变化的临床意义，但是使用也有局限性，比如第三代促甲状腺素试验，不能用于新生儿的筛查的血斑检测。
促甲状腺素低于正常要结合其他的指标进行综合性的分析。促甲状腺素是人体的垂体所分泌的一种激素，而垂体是甲状腺的上级中枢，促甲状腺素能够促进甲状腺激素的合成以及分泌。
但是甲状腺和垂体之间也存在负反馈，如果甲状腺激素分泌过多，就会反馈性地抑制垂体分泌促甲状腺素。
所以在分析甲状腺功能的时候，如果促甲状腺激素降低，同时甲状腺激素出现升高的情况下，考虑存在甲亢的可能。
如果进行甲状腺功能检查时，发现促甲状腺激素降低，同时FT3和FT4也处于降低的水平，提示疾病的定位可能在垂体，需要针对垂体进行影像学检查以及其他的激素检测。