溃疡性结肠炎的治疗最常用也是最有效的药物，就是美沙拉嗪缓释颗粒或者美沙拉嗪缓释片，这是目前治疗溃疡性结肠炎效果最好且副反应最小的药物。另外还有美沙拉嗪栓、美沙拉嗪灌肠液、柳氮磺吡啶等药物。
溃疡性结肠炎的轻重不一，大多数情况下美沙拉嗪缓释颗粒，或者美沙拉嗪缓释片是一个基础治疗，大多可以维持缓解。如果病变局限于直肠，美沙拉嗪栓效果比较好。如果病变主要在乙状结肠，此时使用美沙拉嗪灌肠液比较好。
在治疗的过程中局部用药一般优于全身用药，有些人可能效果不佳，或者病情反复加重，甚至呈爆发性的，就需要激素治疗，或者免疫抑制剂治疗，或者使用夫利昔、阿达木单抗之类的药物治疗。
如果一些严重的溃疡性结肠炎引起大出血，或者结肠穿孔，或者一些中毒症状，还需要手术切除。