肺真菌感染后，根据病人的基础疾病不同，导致真菌感染的具体病菌不同，来决定病人需要用什么样的药物。肺部真菌感染是大范围的一大类疾病。
肺部的真菌感染包括有很多种，包括最常见的念珠菌，念珠菌又分为白色念珠菌、克柔念珠菌、光滑念珠菌，还包括糖尿病病人或者是慢阻肺病人常见的合并曲霉菌的感染，包括烟曲霉、黄曲酶。此外，经常养鸽子、养鸟的人，容易合并隐球菌感染。
再就是合并有严重的自身免疫性疾病、做肿瘤化疗的一些病人，可以会出现卡氏肺孢子虫，也是一种真菌感染。
曲霉菌，尤其是常见的烟曲霉，用普通的抗真菌药物作用也不会太大，临床上常用到伏立康唑、卡泊芬净、伊曲康唑这一类的药物。
卡氏肺孢子虫需要用到磺胺和卡泊芬净、尼卡芬净这一类的药物。隐球菌需要用氟康唑。
所以明确肺部真菌感染的这种病原学非常重要，当治疗肺部真菌感染之前，一定要确定病人感染的真菌种类，才能有效地得到治疗。